Za vrijeme [[Nezavisna Država Hrvatska|Nezavisne Države Hrvatske]] manji dio katoličkog klera je podržavao politiku ustaškog režima. Poslije [[Drugi svjetski rat|II. svjetskog rata]] komunistička se vlast obračunava s ideološkim protivnicima, teško optužujući sam vrh Katoličke Crkve, što kulminira montiranim procesom, suđenjem i zatočenjem tadašnjeg [[nadbiskup]]a [[Alojzije Stepinac|Alojzija Stepinca]]. Zbog imenovanja Stepinca [[kardinal]]om prekinuti su diplomatski odnosi sa [[Vatikan|Svetom Stolicom]], koji će biti ponovno uspostavljeni tek 1966. godine.
U socijalističkoj [[JugoslavijaSFRJ|socijalističkoj Jugoslaviji]], komunistička vlast provodi opću nacionalizaciju, čime i Katolička Crkva gubi brojne posjede, bolnice, škole, domove. Odzeti su ne samo posjedi nego i pojedini samostani, a nekima (Trapisti kod Banja Luke) su oduzeti svi gospodarski objekti od kojih je samostan živio i koji su praktički bili dio samostana. Dogodio se i jedan paradoks: časne sestre koje su radile u bolnicama kao medicinske sestre otpuštane su iz ljubljanskih i zagrebačkih bolnica, a primale su ih i čak pozivale bolnice u Srbiji i Crnoj Gori. Vjeronauk je izbačen iz škole, laičke organizacije morale su biti raspuštene, vjera je proglašena privatnom stvari čovjeka i zabranjen je bilo kakav način njenog javnog očitovanja, te je provođena sustavna ateizacija. Članstvo u [[Komunistička partija Jugoslavije|Komunističkoj partiji]] uvjetuje se ograđivanjem od religioznosti. Budući da se većina položaja u politici i gospodarstvu dobivala upravo kroz Partiju, vjernici (a i osobe koji su bili nepodobne po drugim kriterijima) su u pravilu bili diskriminirani ili potpuno isključeni iz javnog života.
