[[Datoteka:Saren and geths.jpg|thumb|200px|right|Saren sa tri tjelohranitelja (Getha)]]
Na zemaljskoj [[kolonija|koloniji]] "Eden Prime" je otkriven jedan nepoznati vanzemaljski spomenik Proteanaca. Lik s kojim igrač upravlja, Commander Shepard (to može biti muško ili žensko), nalazi se na jednom tajnom zadatku na ljudskom svemirskom brodu SSV Normandy, kako bi iskopao taj spomenik. Pri njihovom dolasku biva napadnut Eden Prime od strane sintetičkih Getha (jedne kibernetičke rase) prema zapovijedi Turijanca Sarena koji želi uzeti spomenik. Shepard ih može zaustaviti sa svojom jedinicom, no spomenik se uništava sam od sebe nakon što mu je Shepard jako blizu prišao. Kratko prije uništenja, spomeispomenik šalje Shepardu par vizija u njegovu glavu, kao što je prije toga napravio i Sarenu, u kojima jedna opomena Protejanaca upozorava na Reapere. Nakon toga Shepard dobiva zadatak otkriti i spriječiti tamni plan Sarena sa kojim ovaj želi istrijebiti sav život u galaksiji. Shepard biva poslan na tri mjesta: u Artemis Tau Cluster, Feros i Noveria. Nakon što je posjetio dva od tih mjesta, biva poslan u Virmire, gdje susreće Sarena i doznaje da je Saren samo jedan izvršivač Sovereigna, jednog Reapera. Shepard sad putuje prema Illosu kako bi spriječio Sarena, no dolazi prekasno. Tamo doznaje od jednog preko 50.000 godina starog proteanskog [[Holografija|holograma]] da su [[portal|portali]] i "citadela" izgrađeni od Reapera koji su znali da će ih upotrijebiti svako inteligentno biće. "Citadela", koja je uvijek bila glavni grad biološkog života, je u biti jedan [[Portal]] kroz koji Reaperi prvo dolaze i ubijaju vladu (Vijeće), kako bi sve biološke forme života bile bez vodstva i stime si Reaperi olakšavaju svoj planirani [[Genocid|genocid]]. Prema hologramu, ovaj proces se ponavlja uvijek kada se bića [[galaksija|galaksije]] tehnološki dovoljno razviju. Shepard prati Sarena na Illosu kroz mini-portal koji vodi u citadelu, gdje je u međuvremenu izbila bitka između Getha i citadel flote. Tamo se suprostavlja sa Sarenom i igrač može odlučiti dali želi spasiti Vijeće ili ga prepustiti smrti. Nakon borbe protiv Sarena, flota alijanse uništava Sovereign - svemirski brod Reapera.
