Gradnja naselja je započela početkom osamdesetih godina [[20. stoljeće|20. stoljeća]]. U nedostatku građevinskog zemljišta u samom Dubrovniku i nemogućnosti većeg širenja grada, započelo se sa gradnjom naselja Nova Mokošica čija je namjena trebala biti širenje grada Dubrovnika na ovaj predio. Teren na kojem se danas nalazi Nova Mokošica prije gradnje je obilovao [[maslina|maslinicima]], [[vinova loza|vinogradima]] i obradivim poljima.
Tijekom [[Domovinski rat|Domovinskog rata]] Nova Mokošica je bila u potpunosti okupirana. Prije okupacije na naselje je ispaljeno mnoštvo [[topništvo|topničkih]] projektila a posebno težak dan je bio 07[[7. listopadlistopada]] [[1991.]] godine kad je od jedne [[minobacač|minobacačke]] granate 120 mm, neposredno ispred skloništa, poginulo devetero mladih ljudi, što je bila najveća pojedinačna tragedija tijekom Domovinskog rata u ovom kraju. Da tragedija bude veća, pogibija mladih ljudi se dogodila na pragu atomskog skloništa. Tijekom okupacije veći je dio stanovništva ostao u naselju u koje je ušla [[JNA|Jugoslavenska narodna armija]], pripadnici teritorijalne obrane [[Crna Gora|Crne Gore]] i pripadnici raznih [[četnici|četničkih]] dragovoljačkih postrojbi. U naselju je ustrojeno zapovjedništvo okupatorske [[vojska|vojske]] koje je smješteno u prostorijama [[osnovna škola|osnovne škole]] Mokošica. Zahvaljujući toj činjenici Nova Mokošica je pošteđena veće pljačke, paleži i razaranja, ali je naselje svejedno pretrpilo štetu. Na mnogim pročeljima zgrada i danas su vidljivi tragovi krhotina granata.
