U sezoni 1988./89. Malone je potpisao za [[Atlanta Hawks]]e. U tandemu s [[Dominique Wilkins|Dominqueom Wilkinsom]], Malone je prosječno postizao 20.2 poena i 11.8 skokova te je te sezone izabran zana svoju 12., tj. zadnju All-Star utakmicu. U prvom krugu doigravanju, iako su bili objektivno jači, Hawski su ispali u pet utakmica od [[Milwaukee Bucks]]a. Malone je još jednom odigrao sjajnu seriju prosječno postižući 21 poen i 12 skokova, ali to ipak nije bilo dovoljno za prolaz. U drugoj sezoni u dresu Hawksa, Malone prosječenoprosječno postiže 18.9 poena i 11 skokova, ali Hawksi, s omjerom 41-41, ne uspijevaju ostvariti doigravanje. U svojoj posljednoj sezoni u dresu Hawksa, Malone prosječno postiže 10.6 poena i 8.1 skokova za samo 23.3 minuta. Tijekom te sezone prešao je granicu od 25,000 poena i 15,000 skokova te je sa 7,695 postignutih slobodnih bacanja postao vodećihvodeći strijelac s linije slbodnih bacanja, pretekavši [[Oscar Robertson|Oscara Robertsona]].
