Kad je [[Hrvatska]] proglasila neovisnost, Mesić se vratio u domovinu i dao ostavku na mjesto predsjednika jer [[SFRJ]] očigledno više nije postojala. Godine [[1992.]] izabran je u Sabor i postao njegov predsjednik.
Godine [[1994.]] istupio je iz [[HDZ]]-a i osnovao novu stranku, [[Hrvatski nezavisni demokrati|Hrvatske nezavisne demokrate]]. SuprotstavioKao serazlog za istup navodio je protivljenje vladinoj politici prema [[Bosna i Hercegovina|Bosni i Hercegovini]], optužujući [[Franjo Tuđman|Tuđmana]] da želi podijeliti BiH s [[Slobodan Milošević|Miloševićem]].Međutim on je iz HDZ-a istupio tek godinu i pol nakon bošnjačko-hrvatskog sukoba.Njegov izlazak iz HDZ-a se poklapa sa njegovim (i [[Josip Manolić|Manolićevim]] ) sukobom sa hewrecegovačkom strujom unutar HDZ-a. Kritizirao je i privatizaciju zbog pljačke i profiterstva. [[1995.]] sudjelovao je na 2. saboru [[HSP]]-a, tj. [[HSP 1861|frakcije HSP-a]] odane [[Dobroslav Paraga|Dobroslavu Paragi]], na [[Zagrebački velesajam|Zagrebačkom velesajmu]]. Mesić je [[1997.]] zajedno s većim dijelom svoje stranke prešao u [[Hrvatska narodna stranka|Hrvatsku narodnu stranku]] (HNS) gdje je postao izvršni potpredsjednik stranke.
