Oko [[2000. pr. Kr.]] sa sjevera u dolinu [[Timok]]a prodiru grupe [[nomadi|nomadskih stočara]]. One su se povezivalepovezale sa indoeuropskim grupama koje su već bile tu, i na taj način stvorile osnovu za daljni razvojrazvitak indoeuropskih jezika. StarosjediociStarosjeditelji i došljaci se vremenom miješaju i od njih nastaju [[Iliri]] i [[Tračani]]. U rimsko doba izgrađena je čitava mreža cesta u dolini Timoka. Najvažnija ruta je išla od NišaNaissusa, dolinom rijeke Timoka kaprema Dunavu, uz koju je podignut veliki broj [[utvrda]]. Najveći rimski građevinski objekatobjekt u ovom kraju je [[Gamzigrad]], u blizini istoimenog sela. Kao naselje Zaječar se prvi put spominje [[1466.]] godine u [[Otomansko carstvo|otomanskom turskom]] tefteru vezanom za stanovništvo vidinskoga [[vidinski pašaluk|vidinskoga pašaluk]]a. Naziv je najvjerojatnije staroslavenskoga podrijetla (''zajec'' tj. zec), premda može biti i turskoga (po nekim pretpostavkama potječe od izvjesnog Said-Asir paše koji je svoju vojsku postavio u dolini rijeke Timoka u godinama kriznim po srpsku [[despot]]ovinu).
U naselju je tada živjelo osam obitelji koje su davale svom [[Spahije|spahiji]] 540 akčiakča prihoda. Zbog prirodnih bogatstava Timočke Krajinekrajine (rudnici bakra, pirita, zlata i srebra u Boru i Majdanpeku, [[ugljen]]a u Rtnju, Bogovini, Vrškoj Čuki, Podvisu, Dobroj Sreći i drugim nalazištima, žita u Krajini i drugim timočkim ravnicama, šuma i stočnog fonda) i zbog geostrategijskog položaja, ova oblast je od posebanogposebnog značajznačaja za Srbiju.
Grad se danas nalazi u zaječarskoj kotlini gdje se kod mjesta zvanog Sastavak Crna reka i Beli Timok slivaju u rijeku [[Timok]]. U blizini grada se nalaze ostaciostatci rimske carske palače iz IV4. stoljeća prije nove ere, [[Felix Romuliana]], koja je na listipopisu svjetske kulturne baštine pod zaštitom [[UNESCO]]-a.
