Prva žena mu je bila poznata glumica Mimi Rogers i ona ga je prva uvela u scijentologiju.Nakon nje, Tom Cruise bio je dugo u braku s [[Nicole Kidman]] te s njom posvojio dvoje djece. Sljedbenik je [[scijentologija| scijentologije]], [[religija| religije]] koju snažno propagira od iznenadnog rastanka od Nicole. Trenutno je u vezi s 16 godina mlađom [[Katie Holmes]] s kojom je dobio kćerkicu Suri. Izazvao je zgražanje cijele javnosti izjavom da će pojesti posteljicu u kojoj je rođena njegova kćerkica. Imao je i trogodišnju vezu sa Španjolkom [[Penelope Cruz]].
