Dobitnik je Državne nagrade za promidžbu i popularizaciju znanosti, Godišnje nagrade Grada Splita, Nagrade "Velimir Terzić", za promidžbu demokracije u Hrvatskoj, te Nagrade Slobodne Dalmacije za životno djelo. Predsjednik Mesić ga je odlikovao [[Red Danice hrvatske|Redom Danice hrvatske]] s likom Marka Marulića, za osobite zasluge u kulturi, 2007. godine.
Na [[hrvatski parlamentarni izbori 2011.|izborima]] [[2011.]] izabran je za zastupnika u [[Hrvatski sabor|Hrvatskom saboru]], kao neovisni kandidat na vlastitoj listi zvanoj "Savez za građansku i etičnu Hrvatsku". Vodstvo Katoličke Crkve mu je branilo od početka kandidaturu za aktivno bavljenje politikom nije dozvoljeno no on se nije obazirao na te zabrane. Zbog toga mu je [[Splitsko-makarska nadbiskupija]], odnosno splitsko-makarskitj. nadbiskup [[Marin Barišić]] izrekao kaznu obustave – suspenzije vršenja [[ispovijed]]anja, propovijedanja i slavljenja [[Misa|mise]] te zabranu nošenja svećeničkog odijela zbog toga.<ref>http://www.tportal.hr/vijesti/hrvatska/168487/Crkva-drasticno-kaznila-don-Grubisica.html#.UHLN1JjMjoE</ref> Grubišić se žalio , no Vatikanska Kongregacija za kler odbila je njegovu žalbu . <ref>http://www.tportal.hr/vijesti/hrvatska/168487/Crkva-drasticno-kaznila-don-Grubisica.html#.UHLN1JjMjoE</ref> Bez obzira na suspenziju Grubišić je nastavio s političkim djelovanjem. Njegov poliički aktivizam je od početka privlačio pažnju javnosti budući da su njegovi stavovi često bili jako različiti od stavova većine svećenstva unutar Hrvatske. Zbog svoji stavova je ćesto bio omiljen gost u lijevima političkim krugovima i medijima. Zalaže se za reviziju, pa čak i raskid [[Vatikanski ugovori|Vatikanskih ugovora]] <ref>http://www.nacional.hr/clanak/120532/vjeronauk-u-crkve-vatikanski-ugovor-na-reviziju</ref> <ref>http://www.slobodnadalmacija.hr/Hrvatska/tabid/66/articleType/ArticleView/articleId/189100/Default.aspx</ref>između Republike Hrvatske i Svete stolice čime bi se smanjila količina novca koju godišnje R. Hrvatska daje Katoličkoj Crkvi. Također se protivi nastavi [[vjeronauk]]a u državnima školama.<ref>http://www.novilist.hr/Vijesti/Hrvatska/Don-Ivan-Grubisic-Vjeronauku-nije-mjesto-u-skoli-Treba-izmijeniti-ugovore-s-Vatikanom</ref>
