U kolovozu [[1991.]] godine postaje ministar ''[[ministar bez lisnice]]'' u [[Treća Vlada Republike Hrvatske|Vladi demokratskog jedinstva]], iz koje istupa u veljači [[1992.]] godine. Na predsjedničkim izborima [[1992.]] godine doživljava poraz od Franje Tuđmana, ali uskoro HSLS postaje najjača opozicijska stranka.<ref name="Moljac"/> Unutarstranački obračuni, kao i gotovo prepolovljen izborni rezultat [[1995.]], rezultiraju njegovim odstupanjem s mjesta predsjednika HSLS-a.<ref name="Moljac"/> Potom postaje predsjednik Velikog vijeća HSLS-a, ali i tu funkciju napušta nakon što je većinom glasova odlučeno da se prekinu pregovori s HDZ-om, koje je on zagovarao<ref name="Moljac"/>. Kasnije će mnogi njegovi stranački puleni (Božičević, Tadić, Rožić, Zorić, Ropuš, Herak) prijeći u HDZ. [[1995.]] godine izabran je za [[gradonačelnik]]a Zagreba, ali Tuđman tada nije želio "dopustiti oporbenu situaciju u Zagrebu" te Budišu nije potvrdio.<ref name="SD"/> HSLS se definitivno raspada u jesen [[1997.]] godine. [[Vlado Gotovac]] tada osniva [[Liberalna stranka|Liberalnu stranku]] (LS), a Budiša se vraća na čelo HSLS-a. S govornice traži ključeve prostorija u Amruševoj (gdje je sjedište stranke), a poziranje Stephanu Lupinu u [[mussolini]]jevskoj pozi opravdava izjavom: "Sve je kriv onaj Latino." Suprostavlja se IDS-u zbog Deklaracije o višejezičnom i multikulturalnom karakteru Istre, tumačeći da Hrvati time postaju nacionalna manjina u tom dijelu zemlje.<ref name="Moljac"/> Tada poručuje IDS-ovcima: "Nitko me u ovih nekoliko godina nije ovako uvrijedio." Nakon pobjede koalicije šest stranaka ([[SDP]]-[[HSLS]]-[[Hrvatska seljačka stranka|HSS]]-[[LS]]-[[Hrvatska narodna stranka|HNS]]-[[Istarski demokratski sabor|IDS]]) na [[Hrvatski parlamentarni izbori 2000.|parlamentarnim izborima 2000.]], [[Ivica Račan]] nudi Budiši mjesto predsjednika [[Hrvatski sabor|Hrvatskoga sabora]], što on odbija nadajući se pobjedi na [[Hrvatski predsjednički izbori 2000.|predsjedničkim izborima 2000.]] Nakon poraza u drugome krugu od [[Stjepan Mesić|Stjepana Mesića]], postaje saborski zastupnik. Zbog podjele u HSLS-u oko glasovanja o povjerenju Vladi Ivice Račana zbog izručenja hrvatskih generala Haškom sudu u ljeto [[2001.]] Budiša podnosi ostavku na dužnost predsjednika HSLS-a, ali na izbornom saboru stranke u veljači 2002. Budiša ponovno postaje predsjednikom HSLS-a.
U ožujku [[2002.]] godine Budiša je imenovan zamjenikom predsjednika u [[Sedma Vlada Republike Hrvatske|koalicijskoj Vladi]]. Nešto više od tri mjeseca nakon toga HSLS-ovci izlaze iz Vlade i vladajuće koalicije te ponovno prelaze u oporbu, nakon što su odbili u Saboru podržati Ugovor sa Slovenijom o nuklearki Krško.<!-- te otpis slovenskih dugova za ne isporučenu električnu energiju --> Istoga dana predsjednik vlade Račan podnio je ostavku, što je dovelo do pada Vlade.
