Azkue rođen u biskajskom gradu [[Lekeitio]]u, i materinji jezik mu je bio baskijski. <ref name="Trask"/> Njegovi roditelji bili su baskijski pjesnik [[Eusebio Maria de los Dolores Azkue Barrundia]] koji je sam bio iz Lekeitioa i [[Maria Karmen Aberasturi Uribarri]] iz [[Mundaka|Mundake]].<ref name="Etxegoien"/> Nakon studija nautike u Lekeitiou, otišao je u [[Bilbao]] na prvostupanjski studij, a potom u [[Vitoria-Gazteiz|Vitoriju]] i [[Sveučilište u Salamanci]] studirati teologiju i filozofiju. Zaredio se za svećenika 1888. <ref name="Etxegoien"/>
Iste godine, lokalna Vlada Biskaja pozvala je raspisala je natječaj za voditelja baskijskih studija. <ref name="Etxegoien"/> Prijavili su se Azkue, Sabin Arana i Miguel de Unamuno , ali izabran je Azkue. U narednom razdoblju, on je pokrenuo brojne inicijative vezane uz pravopisna pitanja i podučavanje baskijskog jezika, uključujući i dva časopisa ''Euskalzale'' i ''Ibaizabal.''
Iako se smatrao baskijskim domoljubom (ili '''abertzale''') te iako je bio u kontaktu s nacionalističkim ličnostima kao što su [[Sabin Arana]] i [[Ramón de la Sota]], njega se nije smatralo karlistom i često se nije slagao s tom dvojicom, osobito u svezi baskijskih jezičnih pitanja. Bio je više zaljubljen u baskijski jeziku i kulturu, i pokušavao izbjegavati politiku u korist kulturnih aktivnosti.
Iznimno, tiejkomtijekom mnogo godina bila su dva glavna tabora baskijskih pisaca i pristaša baskijske kulture - one koji su se priklanjali Azkueovom pristupu (tzv. ''Azkuezaleak'' ) i onih koji su se držali Aranina pristupa (tzv. ''Aranazaleak''). S vremenom, popularnost Aranina donekle purističkog pristupa je na kraju oslabila.
Godine 1904. Azkue je napustio Bilbao kako bi putovao Europom 5 godina, s velikim zaustavljanjima u Tours , Bruxellesu i Kölnu , gdje je završio studij glazbe.
