U ovom dijelu Silent Hilla, vraćamo se na tematikotematiku prve igre - Harry Masonovoj misiji da pronađe nestalu kćer Cheryl u američkom gradu Silent Hill, ali u drugačijem svijetu, tj. paralelnom svijetu, gdje se susreću novi likovi, zadaci, lokacije pa čak i čudovišta. Također je pet završetaka dostupno. Gameplay sadrži dva dijela: Harry Masonov put kroz Silent Hill u potrazi za Cheryl i liječenje same Cheryl u pravome svijetu, gdje je psihijatar pita razna pitanja, koja kasnije utječu na igru u paralelnom svijetu.