[[File:Zagreb - Islamski centar - džamija.jpg|thumb|[[Zagrebačka džamija (1987.)|Zagrebačka džamija]] u Zagrebu, središnja džamija Mešihata islamske zajednice u Hrvatskoj]]
Islamska zajednica u Hrvatskoj se sastoji od Sabora Islamske zajednice, Mešihata,mešihata/ muftijstva (zagrebačkog) koje je podijeljeno na šestmedžlise medžlisa([[Zagreb]], [[Rijeka]], [[Pula]], [[Sisak]], [[Split]], [[Varaždin]], [[Gunja]], [[Dubrovnik]], [[Karlovac]], [[Labin]], [[Osijek]], [[Vinkovci]], [[Poreč]], [[Slavonski Brod]], [[Umag]], [[Zadar]]). Medžlisi su dalje podijeljeni na džemate, koji čine najmanje organizacione jedinice Islamske zajednice. Također u okviru Islamske zajednice u Hrvatskoj djeluje i Islamska gimnazija dr. Ahmed Smajlović u Zagrebu.