Marković je karijeru započeo u [[Mladi Radnik|Mladom Radniku]], a [[1999.]] prelazi u [[FK Crvena Zvezda|Crvenu zvezdu]]. Nakon što je odbio potpisat novi ugovor, otišao je na probu u [[Genoa CFC|Genou]], no budući dakako je klub zbog afere oko namještanja utakmica izbačen iz [[Serie A]], Marković karijeru nastavlja u [[kijev]]skom [[Dinamo Kijev|Dinamu]], s kojim je igrao i u [[UEFA Liga prvaka|Ligi prvaka]]. Godine [[2008.]] vraća se u Zvezdu, no od [[2009.]] zbog svađe s upravom kluba nije igrao u prvoj momčadi, već je trenirao u matičnom Radniku. Nakon isteka, ugovora u kolovozu [[2009.]] zbog želje da "nastavi karijeru u mirnoj sredini", potpisuje za [[Hrvatska|hrvatskog]] [[1. HNL|prvoligaša]] [[NK Istra 1961|Istru 1961]]<ref>[http://regionalexpress.hr/site/more/predstavljanje-m-markovica/ Marjan Marković predstavljen medijima]</ref>, te je tako postao tek drugi [[Srbi|srpski]] nogometaš koji je igrao u [[Prva HNL|Prvoj HNL]], nakon [[Dragan Žilić|Dragana Žilića]]<ref>[http://www.index.hr/sport/clanak/dragan-zilic-srbiji-fali-rijeka/339672.aspx Dragan Žilić u Rijeci]</ref>.
