Razdoblje od [[1463.]] do [[1878.]] godine karakterizira stradanje i raseljavanje domaćeg [[hrvat]]sko-[[katoličanstvo|katoličkog]] stanovništva i plemstva, kao i [[islam]]izacija koja je uhvatila korijen uslijed vise čimbenika, među kojima su najvažniji vjerski progon i nasilje, te inferiorni društveni položaj [[kršćani|kršćana]] opterećenih raznim nametima, kao i institucija "devširme", prislinog odvođenja kršćanske djece i odgoja u [[islam]]skom duhu.
Prema uvidima u porezne knjige, katolika je bilo 99 % u osvojenom dijelu Bosne, odnosno 37.604 kućanstva. Osmanlije su već tada porušili sve samostane i crkve. Sultan Mehmed II., zvani El-Fatih, nije protjerao sve kršćanekatolike nakon osvajanja Bosne iz praktičnih razloga. Katoličkim svećenicima bilo je u interesu sačuvati što više katolike. Fra Anđeo Zvizdović je navodno rekao sultanu da što će mu zemlja koju nema tko obrađivati, a uz to Osmanlije su bili u nasušnoj potrebi za kvalificiranim rudarima i obrtnicima. Ipak, Osmanlije su srušili brojne crkve i samostane, ukupno 464 katoličke crkve i 48 franjevačkih samostana. Obnova nije bila dopuštena, ili tek samo na mjestima gdje je bilo, ali da nije smjelo biti od kamena. Svaki pokušaj obnove s kamenom rezultirao je da su Osmanlije rušile objekt. Nakon rušenja crkava i samostana u Fojnici, u vrijeme osvajanja Bosne, franjevci su neke od njih obnovili. Husref-begov progon kršćana 1524. rezultirao je ponovnim rušenjem. Katolici su se dosjetili ekonomske prinude i od osmanskih vlasti tražili dopuštenje obnoviti crkvu i samostan, ili će se odseliti. Tako su napravili rudari u Fojnici. Naposljetku su im dopustili obnovu.<ref name=Zirdum>[http://caffe-tony.com/sjeme-zla-vracamo-li-se-u-osmanska-vremena/ fra Andrija Zirdum: ''SJEME ZLA: Vraćamo li se u osmanska vremena''. Razgovarao: Josip Vajdner, Katolički tjednik]</ref>
