Jennifer Garner je rođena u [[Houston, Teksas|Houston]], u [[Teksas]]u. Kći Patricije Ann, učiteljice engleskog jezika iz Oklahome, i Williama Johna Garnera, kemijskog inžinjerainženjera koji je radio za [[Union Carbide]] u Teksasu. Ona je srednje dijete, između dvije sestre, Melisse Lynn Garner Wylie (rođena 5. veljače 1969. godine) i druge sestre Susannah Kay Garner Carpenter (rođena 24. siječnja 1975. godine) ]],<ref>[http://www.familytreelegends.com/records/txbirths?c=search&first=Susannah&last=Garner&spelling=Exact&11_year=&11_month=0&11_day=0&4=&14=&SubmitSearch.x=0&SubmitSearch.y=0 Texas Births, 1926-1995<!-- Bot generated title -->]</ref>. Kada je imala tektri godine, išla je na lekcije baleta koje je nastavila tijekom svoje mladosti. Iako je priznala da je jako voljela plesati, nikada nije imala ambicije postati klasična balerina <ref>Murray, R, [http://movies.about.com/cs/13goingon30/a/garner13041204_2.htm Interview with Jennifer Garner]. ''About.com''. April 12, 2004. Retrieved on December 12, 2006.</ref>. Kada je imala 4 godine morali su se preseliti u [[Princeton, Zapadna Virginia]] zbog posla njezinog oca. Poslije su se preselili u Charleston, Zapadna Virginia gdje je boravila do koledža.
