Kostajnica je filijala župe [[Obri (Konjic, BiH)|Obre]]. Stvaranjem [[Jablaničko jezero|Jablaničkog jezera]] prekinula se komunikacija sa župnim središtem, pa su 1962. godine vjernici u Kostajnici i iz okolnih sela izgradili područnu crkvu Uznesenja Blažene Djevice Marije. U Kostajnici je, prije rata obitavalo više od 500 stanovnika. Prije rata u župnoj filijali Kostajnica bilo je 428 vjernika. Tijekom [[Bošnjačko-hrvatski sukob: Dolina Neretvice i Konjic|velikobošnjačkebošnjačko-hrvatskog agresijesukoba]] je devastirana i potpuno opljačkana, dok je u Obrima uništena. Većina katolika s ovih područja protjerana je. Bokševica je opet pružila zaštitu progonjenim kršćanima. <ref name=nedjelja/> Crkva u Kostajnici obnovljena je u vrijeme župnika don Ante Ledića uz potporu talijanskog Caritasa[[Caritas]]a, Vlade Republike Hrvatske i vjernog puka Kostajnice. Pomoćni biskup vrhbosanski [[Pero Sudar]] blagoslovio je obnovljenu crkvu [[10. listopada]] [[arhitektura u 1999.|1999.]] godine. Izvršeni radovi nisu bili adekvatni i dovoljni, pa su vjernici izvršili obnovu unutrašnjosti i vanjske zidove te dijelove krova koji su prokišnjavali i zvonik u potpunosti.<ref name=nedjelja>[https://www.nedjelja.ba/hr/ljudi-zivot-obicaji/kostajnica-u-konjickom-klisu-zivi-uz-obnovljenu-crkvu/9826 Katolički tjednik] ''Kostajnica u konjičkom Klisu živi uz obnovljenu crkvu'' 15. travnja 2019. (pristupljeno 6. veljače 2020.)</ref>
