Krajem [[1989.]] godine ušao je u politiku. Jedan je od osnivača [[HDZ]]-a i bliski suradnik dra [[Franjo Tuđman|Franje Tuđmana]]. Nakon pobjede HDZ-a na izborima surađuje s [[Ivo Latin|Ivom Latinom]] oko prijenosa vlasti i ustrojava ured predsjednika [[Franjo Tuđman|Franje Tuđmana]] prema francuskom modelu. Dana [[7. kolovoza]] [[1992.]] godine dobiva od predsjednika Republike mandat za sastav [[Vlada RH|Vlade]] i na tom mjestu ostaje do travnja [[1993.]] godine, kad ga je dr. Tuđman odlučio zamjenitizamijeniti [[Nikica Valentić|Nikicom Valentićem]]. Novinari i javnost nisu pozdravili njegove česte izjave na mjestu predsjednika vlade kako tek provodi politiku Franje Tuđmana, a do izražaja je dolazilo i njegovo slabije poznavanje makroekonomske teorije i prakse. Nakon skandala s Dalmacijacementom, kada su ga mediji optužili za uzimanje provizije od talijanskog partnera, pretvorbe ''[[Slobodna Dalmacija|Slobodne Dalmacije]]'', prijema Hrvatske u [[Međunarodni monetarni fond]] i izbora za Županijski dom 1993. godine (kada je HDZ izgubio u njegovoj rodnoj [[Primorsko-goranska županija|Primorsko-goranskoj županiji]]) podnosi ostavku i postaje čelnik [[Sigurnosno-obavještajni sustav u Hrvatskoj|Ureda za nacionalnu sigurnost]]. Hrvoje Šarinić bio je i voditelj hrvatskog pregovaračkog tima za pregovore s pobunjenim [[Srbi u Hrvatskoj|Srbima]], a priznao je i da se deset puta tajno sastao sa [[Slobodan Milošević|Slobodanom Miloševićem]]. Obnašao je i poslove voditelja Povjerenstva [[Hrvatska|Republike Hrvatske]] za odnose s [[UNPROFOR]]-om. Kasnije se dva puta vraćao na mjesto predstojnika [[Predsjednik Republike Hrvatske#Ured predsjednika Republike|Ureda predsjednika Republike Hrvatske]]. Neslavno će se proslaviti i s tzv. istarskim ipsilonom kada je ugovorio s francuskom tvrtkom Bouygouse krajnje nepovoljan ugovor za Hrvatsku o gradnji ceste u [[Istra|Istri]]. Krajem [[1990-ih]] gurnut je iz kruga bliskih suradnika predsjednika Franje Tuđmana (novi predstojnik Ureda predsjednika postaje [[Ivica Kostović]], koji na toj dužnosti ostaje do smrti predsjednika Franje Tuđmana). Nakon smrti predsjednika Franje Tuđmana i "trećesiječanjskih izbora" [[2000.]] godine zajedno s [[Mate Granić|Matom Granićem]], [[Vesna Škare-Ožbolt|Vesnom Škare-Ožbolt]] i [[Joško Morić|Joškom Morićem]] izlazi iz HDZ i osniva [[Demokratski centar]].
[[1999.]] godine objavio je knjigu ''Svi moji tajni pregovori sa Slobodanom Miloševićem : između rata i diplomacije, 1993. – 1995. (1998.)''.
