[[Mostarina]] se plaća samo s kopnene strane prema Krku. Mostarina je trebala biti ukinuta kada se troškovi izgradnje otplate. Troškovi su otplaćeni 1990. godine, ali tomostarina nije učinjenoukinuta. To je s vremenom počelo izazivati velike nelagode pa i sukobe naročito između žitelja otoka i „Hrvatskih cesta“ koje su tada upravljale mostom. Rezultat toga je oslobađanje plaćanja mostarine za otočane. Krčki most je jedini most u Republici Hrvatskoj na kojem se naplaćuje mostarina iako je dobit od naplate već višestruko isplatila sredstva uložena u njegovu gradnju. [[Paradoks]]alno, umjesto ukidanja, od 7. lipnja 2012. godine, mostarina je skuplja za 15% te iznosi 35-138 kuna.<ref>[http://danas.net.hr/hrvatska/vlada-odobrila-vise-cijene-cestarina Vlada odobrila više cijene cestarina]</ref>
=== Održavanje i planovi za izgradnju novog mosta ===
