U uvjetima neizbježne kapitulacije Reicha, Dönitz se trudio sklopiti primirje sa zapadnim Saveznicima i da izvuče što veći broj stanovništva s teritorija kojeg će zauzeti [[Crvena armija|sovjetska vojska]]. Dana [[8. svibnja]] [[1945]]. godine preko radija je objavljena opća kapitulacija Njemačke.
== Kraj rata, Nürnberški proces i smrt ==
Nakon točno 23 dana provedenih na čelu Njemačke, Dönitza i cijelu vladu su [[23. rujnasvibnja]] [[1945]]. godine uhitile britanksebritanske vojne vlasti. U svojstvu glavnog vojnog zapovjednika Dönitz je izveden pred [[Nürnberški proces|Međunarodni vojni sud]] u [[Nürnberg]]u. Optužbe protiv sebe komentarao je riječima: ''"Nijedna od teza optužbe me ne dodiruje. Tipičan američki humor"''. Sud je odlučio da je odgovoran za izgradnju i pripremu njemačke podmorničke flote, no nije mu suđeno za pripreme i započinjanje neograničenog podmorničkog rata. Oprošteno mu je i to što je naredio da se pobiju svi protivnički vojnici koji bi preživjeli potapanje svog broda. Dönitz je proglašen krivim po 2. točki (zločin protiv mira) i 3. točki (ratni zločin) i osuđen na deset godina zatvora. Zatvorsku kaznu je odslužio u zatvoru [[Spandau]]. Sa sobom je uvijek nosio kovertu s pismima koja je dobijao od savezničkih pomorskih časnika, koji su mu pisali, izražavajući simpatije i razumijevanje za njega. Na slobodu je pušten [[1. listopada]] [[1956]]. godine i uskoro mu je vlada [[Zapadna Njemačka|Zapadne Njemačke]] odobrila admiralsku mirovinu. Dönitz je autor nekoliko knjiga o povijesti Drugog svjetskog rata a napisao je i memoare (''"Mein wechselvolles Leben"'').
Umro je od [[srčani udar|srčanog udara]] u 89. godini, [[24. prosinca]] [[1980]]. godine, a pokopan je u Aumühleu (pokraj [[Hamburg|Hamburga]]) [[6. siječnja]] [[1981]]. godine.
