Polifilija: razlika između inačica

[[Datoteka:Monophyly,_paraphyly,_polyphyly.png|mini|300x300px| Kladogram [[Primati|primata]],; prikazuje [[Monofilija|monofiliju]] (viši primati, žuto), [[Parafilija|parafilijuparafiletičnost]] (prosimijanci, cijan, uključujući crveno područje) i polifiliju (noćno aktivni primati, [[Loris|lorisiloris]]i i [[Tarsier |tarsieritarsier]]i, crvene boje).]]

[[Datoteka:Phylogenetic-Groups.svg|mini|300x300px| Filogenetske skupine: Monofiletski takson (žuto, klada [[Sauropsida]] koja grupira "gmazovigmazove i ptice") sadrži zajedničkog pretka i sve njegove potomke. Parafiletski takson (cijan, "gmazovi") sadrži svog najnovijeg zajedničkog pretka, ali ne sadrži sve potomke tog pretka. Polifilski takson (crvenom bojomcrvena, skupina [[Hemotermijahemotermija]] koja sadrži toplokrvne tetrapode) ne sadrži najnovijeg zajedničkog pretka svih svojih članova.]]

'''Polifiletska''' skupina je skup je organizama ili drugih evoluirajućih elemenata koji su grupirani, ali ne dijele neposrednog zajedničkog pretka. Izraz se često primjenjuje na skupine koje dijele obilježja koja su slična, ali nisu naslijeđena od zajedničkih predaka; ovetakve su karakteristike poznate kao homoplazije, a razvoj i fenomen homoplazija poznati su kao [[konvergentna evolucija]]. Raspored članova polifiletske skupine naziva se '''polifilija.''' .

Alternativno, polifiletika se jednostavno koristi za opisivanje skupine čiji članovi dolaze iz više izvora predaka, bez obzira na sličnost karakteristika. Na primjer, biološka karakteristika toplokrvnosti razvijala se odvojeno kod predaka sisavaca i predaka ptica.<ref>{{Cite book|url=https://books.google.fr/books?id=VgkZBQAAQBAJ&pg=PA162|title=Aristotle's Ladder, Darwin's Tree: The Evolution of Visual Metaphors for Biological Order|last=Archibald|first=J. David|date=2014-07-15|publisher=Columbia University Press|isbn=9780231164122|language=en}}</ref> Ostale polifiletske skupine su na primjerprimjerice [[alge]], [[C4 fotosinteza |C4 fotosintetske biljke]] <ref name=":0">{{Citiranje časopisa||last=Sage|first=Rowan F.|date=2004-02-01|title=The evolution of C4 photosynthesis |journal=[[New Phytologist]] |language=en|volume=161|issue=2|pages=341–370|doi=10.1111/j.1469-8137.2004.00974.x|issn=1469-8137}}</ref> i [[Xenarthra]].<ref name="Delsuc2008">{{Cite book |last1=Delsuc |first1=Frédéric |last2=Douzery |first2=Emmanuel J. P. |year=2008 |chapter=Recent advances and future prospects in xenarthran molecular phylogenetics |pages=11–23 |editor-last1=Vizcaíno |editor-first1=Sergio F. |editor-last2=Loughry |editor-first2=W. J. |title=The biology of the Xenarthra |publisher=University Press of Florida |location=Gainesville |isbn=9780813031651 |oclc=741613153 }}</ref>

Mnogi se biolozi se trudepokušavaju izbjeći homoplaziju u grupiranju [[takson]]a, pa je zato često cilj eliminirati skupine za koje se utvrdi da su polifiletske. To je često poticaj za velike revizije klasifikacijskih shema.

Istraživači koji se više bave [[Ekologija|ekologijom]], nego [[Sistematika|sistematikom]], mogu uzeti polifiletske skupine kaosmatrati legitimnelegitimnima; na primjer, sličnosti u aktivnosti unutar skupine gljivica ''[[Alternaria]]'' mogu istraživače navesti da smatraju skupinu valjanim [[Rod (taksonomija)|rodom]], istovremeno priznajući njezinu polifiliju. <ref>{{Citiranje časopisa|first1=Erik T. |last1=Aschehoug |first2=Kerry L. |last2=Metlen |first3=Ragan M. |last3=Callaway |first4=George |last4=Newcombe |year=2012 |title=Fungal endophytes directly increase the competitive effects of an invasive forb |journal=Ecology |volume=93 |issue=1 |pages=3–8 |url=http://plantecology.dbs.umt.edu/plantecology/People/documents/Aschehougetal.2012ENDOPHYTEINVASIONCOMPETITION.pdf |accessdate=July 8, 2013 |doi=10.1890/11-1347.1 |pmid=22486080 |url-status=dead |archiveurl=https://web.archive.org/web/20140428195457/http://plantecology.dbs.umt.edu/plantecology/People/documents/Aschehougetal.2012ENDOPHYTEINVASIONCOMPETITION.pdf |archivedate=April 28, 2014 }}</ref> U nedavnim istraživanjima koncepti [[Monofilija|monofilije]], [[Parafilija|parafilijeparafiletičnost]]i i polifilije korišteni su u utvrđivanju ključnih gena za [[DNA kodiranje|kodiranje]] različitih skupina vrsta.<ref>{{Citiranje časopisa|doi=10.1016/j.gene.2019.143967 |pmid=31279710 |title=Diagnosis of mitogenome for robust phylogeny: A case of Cypriniformes fish group |journal=Gene |volume=713 |pages=143967 |year=2019 |last1=Parhi J., Tripathy P.S., Priyadarshi, H. |first1=Mandal S.C., Pandey P.K.}}</ref>

Pojam ''polyphyly'' potječe iz [[Starogrčki jezik|starogrčkih]] izraza πολύς (polús), što znači "mnogo, mnogo", i φῦλον (phûlon), što znači "rod, vrsta",<ref name="Bailly1981">{{Citiranje knjiga|Title=Abrégé du dictionnaire grec français |last=Bailly |first=Anatole |date=1981-01-01 |publisher=Hachette |isbn=978-2010035289 |location=Paris |oclc=461974285 }}</ref><ref name="Tabularium">{{Cite web |url=http://www.tabularium.be/bailly/ |title=Greek-french dictionary online |last=Bailly |first=Anatole |date= |website=www.tabularium.be |publisher= |access-date=March 2, 2018}}</ref>, a odnosi se činjenicana činjenicu da polifiletska skupina uključuje organizme (npr. rodove, vrste) koji proizlaze iz ''više'' izvora predaka.

Suprotno tome, pojam ''[[Monofilija|monofilija]]'' ili ''monofiletika'' nadovezuje se na starogrčki prefiks μόνος (mónos), što znači "sam, jedini, jedinstveni",<ref name="Bailly1981"/><ref name="Tabularium"/> i odnosi se na činjenicu da monofiletska skupina uključuje organizme koji se sastoje od svih potomcipotomaka ''jedinstvenog'' zajedničkog pretka.

Za usporedbu, pojam ''[[parafilijaparafiletičnost]]'' koristi starogrčki prefiks παρά (pará), što znači "pored, blizu",<ref name="Bailly1981"/><ref name="Tabularium"/> i odnosi se na situaciju u kojoj je jedna ili nekoliko monofiletskih podskupina ''izdvojena'' od svih ostalih potomaka jedinstvenog zajedničkog pretka.

U mnogim se školama [[Taksonomija|taksonomije]] ne preporučuje postojanje polifiletskih skupina u klasifikaciji. OveTe škole mišljenja smatraju [[monofilija|monofiletske]] skupine (odnosno [[kladklada|klade]]e) najvažnijim načinom grupiranja [[organizam]]a.

Jedan od razloga za ovotakvo gledište jejest da je neke klade jednostavnojednostavnije definirati u čisto [[Filogeneza|filogenetskom]] smislu bez pozivanja na prethodno uvedene klade: [[filogenetska nomenklatura|definicija klade na temelju čvora]], na primjer, mogla bi biti "Svisvi potomci posljednjeg zajedničkog pretka vrsta X i Y". S druge strane, polifiletske skupine često se mogu razgraničiti una smislutemelju klade, na primjer "leteći kralježnjaci sastoje se od klada šišmiša, ptica i pterosaura". Budući da se polifiletske skupine često mogu definirati kao zbroj klada, obično se smatraju manje temeljnima od monofiletskih (pojedinačnih, cjelovitih).

Jači je razlog taj što grupiranje vrsta monofiletički olakšava predviđanje daleko više olakšava predviđanje nego polifiletsko grupiranje. Primjerice, klasifikacija novootkrivene trave u monofiletsku obitelj [[Poaceae]], prave trave, odmah rezultira brojnim predviđanjima o njezinoj strukturi i razvojnim i reproduktivnim karakteristikama,obilježjima naslijeđenim od zajedničkog pretka ovete obitelji. Nasuprot tome, Linneovo svrstavanje biljki s dvadvama [[prašnik|prašnicima]]a u polifiletski razred [[Diandria]], iako praktično je za identifikaciju, beskoristnoali beskorisno je za predviđanje, jer prisutnostje do pojave točno dvadvaju prašnika sedošlo [[Konvergentna evolucija|razvilokonvergentnim konvergentnorazvojem]] u mnogim skupinama.<ref>{{Citiranje časopisa|first=Clive A. |last=Stace |authorlink=Clive A. Stace |year=2010 |title=Classification by molecules: What's in it for field botanists? |journal=Watsonia |volume=28 |pages=103–122 |url=http://www.archive.bsbi.org.uk/Wats28p103.pdf |accessdate=July 31, 2013 |archive-url=https://web.archive.org/web/20121015135726/http://archive.bsbi.org.uk/Wats28p103.pdf |archive-date=October 15, 2012 |url-status=dead |df=mdy-all }}</ref> Predvidljivost uspjeha je presudni je kriterij po kojem se teorije vrednuju u svim eksperimentalnim znanostima.

== PolifiletskaPolifiletske vrste ==

[[Vrsta|Vrste]] imaju poseban status u sistematici kao uočljivo obilježje same prirode i kao osnovna jedinica klasifikacije.<ref>{{Citiranje časopisa|last1=Queiroz|first1=Kevin|last2=Donoghue|first2=Michael J.|title=Phylogenetic Systematics and the Species Problem|journal=Cladistics|date=December 1988|volume=4|issue=4|pages=317–338|doi=10.1111/j.1096-0031.1988.tb00518.x}}</ref> Obično se implicitno pretpostavlja da su vrste monofiletske (ili barem [[ParafilijaParafiletičnost|parafiletske]]). Međutim, [[hibridna specijacija]] vjerojatno dovodi do polifiletskih vrsta. <ref>{{Citiranje časopisa|last1=Hörandl |first1=E. |last2=Stuessy |first2=T.F.|title=Paraphyletic groups as natural units of biological classification|journal=Taxon|date=2010|volume=59|issue=6|pages=1641–1653|doi=10.1002/tax.596001 }}</ref> Hibridne vrste česta su pojava u prirodi, posebno u biljkama gdje [[poliploidija]] omogućuje brzu specijaciju. <ref>{{Citiranje časopisa|last=Linder|first=C.R.|author2=Risenberg, L.H.|title=Reconstructing patterns of reticulate evolution in plants|journal=American Journal of Botany|date=22 June 2004|volume=91|pages=1700–1708|url=http://www.amjbot.org/content/91/10/1700.full|accessdate=14 December 2011|issue=10|doi=10.3732/ajb.91.10.1700|pmid=18677414|pmc=2493047}}</ref>