[[Datoteka:2017 Confederations Cup - Final - Timo Werner (1).jpg|mini|Werner je bio član sastava Njemačke koji je 2017. osvojio [[FIFA Konfederacijski kup]]]]
Werner je predstavljao Njemačku u svim mlađim uzrastima od 15 do 21 godine, osim onog do 20 godina. Za mlađe uzraste Njemačke sveukupno je postigao 34 gola u 48 utakmice. Godine 2010. godine postigao je tri gola na svom prvom nastupu za uzrast do 15 godina u utakmici protiv [[Poljska nogometna reprezentacija do 15 godina|Poljske]]. Dvije godine kasnije, bio je dio njemačke ekipe koja je završilaizgubila na drugom mjestuu nafinalu [[Europsko prvenstvo u nogometu do 17 godina|EuropskomEuropskog prvenstvuprvenstva do 17 godina]] održanog u [[Slovenija|Sloveniji]] 2012. godine<ref name=":3" />
Za [[Njemačka nogometna reprezentacija|A selekciju]] debitirao je 22. ožujka 2017. u prijateljskoj utakmici protiv [[Engleska nogometna reprezentacija|Engleske]] (1:0).<ref>[https://www.transfermarkt.de/timo-werner/nationalmannschaft/spieler/170527/verein_id/3262 DETAILLIERTE LEISTUNGSDATEN], [[Transfermarkt]], pristupljeno 7. svibnja 2021.</ref>
Werner je 17. majasvibnja 2017. godine pozvan u reprezentaciju za nastupanje na [[FIFA Konfederacijski kup 2017.|FIFA KonfederacijskiKonfederacijskom kupkupu]] koji je održan u [[Rusija|Rusiji]] 2017. godine. U prvoj utakmici na natjecanju koja je odigrana protiv [[Australska nogometna reprezentacija|Australije]], ušao je u igru umjesto [[Sandro Wagner|Sandra Wagnera]],<ref>{{Cite news|url=http://www.theguardian.com/football/live/2017/jun/20/australia-v-germany-confederations-cup-live|title = Australia 2-3 Germany: Confederations Cup –as it happened|last=Miller|first=Nick|date = 19 June 2017|work=The Guardian|access-date = 19 May 2018|language=en-GB|issn=0261-3077}}</ref> dok je treću utakmicu u skupini, odigranodigranu protiv [[Kamerunska nogometna reprezentacija|Kameruna]] 25. lipnja počeo u prvoj postavi te je pritom postigao svoja prva dva gola za A selekciju.<ref>{{Cite web|url=http://www.dw.com/en/confederations-cup-werner-double-downs-cameroon-to-set-up-date-with-mexico/a-39392462|title = Confederations Cup: Werner double downs Cameroon to set up date with Mexico {{!}} DW {{!}} 25.06.2017|first=Deutsche Welle|last=(www.dw.com)|website=DW.COM|language=en|access-date = 19 May 2018}}</ref> Četiri dana kasnije, Werner je postigao treći gol Njemačke u polufinalnoj utakmici protiv [[Meksička nogometna reprezentacija|Meksika]] (4:1).<ref>{{Cite news|url=https://www.bbc.com/sport/football/40410798|title = Confederations Cup semi-final: Germany 4-1 Mexico|date = 29 June 2017|work=BBC Sport|access-date = 19 May 2018|language=en-GB}}</ref> U finalu odigranog 2. srpnja 2017. godine protiv [[Čileanska nogometna reprezentacija|Čilea]], Werner je asistirao [[Lars Stindl|Larsu Stindlu]] za jedini gol na toj utakmici.<ref>{{Cite news|url=https://www.bbc.com/sport/football/40464139|title = Germany win first Confederations Cup title|date = 2 July 2017|work=BBC Sport|access-date = 19 May 2018|language=en-GB}}</ref> Postigavši tri gola i dvije asistentcije, Werner je proglašen najboljim strijelcem turnira.<ref>{{Cite news|url=https://www.fifa.com/confederationscup/news/y=2017/m=7/news=awards-list-dominated-by-victorious-germans-2900157.html|title = Awards list dominated by victorious Germans|last=FIFA.com|work=FIFA.com|access-date = 19 May 2018|language=en-GB}}</ref>
Bio je član njemačke momčadi na [[Svjetsko prvenstvo u nogometu - Rusija 2018.|Svjetskom prvenstvu 2018.]] održanog u [[Rusija|Rusiji]].
