Novo/staro odredište bio je Madrid. Kraljevski je klub [[1. srpnja]] [[2006.]] dobio novog predsjednika [[Ramón Calderón|Ramóna Calderóna]], a pet dana kasnije i Capella kao novog trenera. Nakon što je preuzeo Real, dirigirao je dovođenjem novih igrača, iskoristivši pritom situaciju u svom bivšem klubu, te je u klub doveo [[Fabio Cannavaro|Fabija Cannavara]] i [[Emerson Ferreira da Rosa|Emersona]]a. Iz Juventusa, koji se silno borio da zadrži svoje najveće zvijezde, nazivali su ga nezahvalnim lešinarom. U klubu su pojedini igrači, kao [[Igor Tudor]] i [[Alessandro Del Piero]], koji su ostali u [[Serie B]], o bivšem šefu imali štošta za reći - većinom ništa pozitivno, uglavnom su bili sretni što više nisu pod njegovom "diktaturom". [[Thomas Gravesen]], koji je Capellovim dolaskom napustio [[Santiago Bernabéu]], nezadovoljan odnosom novog trenera prema njemu, Talijana je nazivao arogantnim egocentrikom. Capello od potpuno posrnulog Reala nije odmah uspio napraviti jaku momčad kao nekad i ubrzo su počele glasine o njegovom otkazu. Javno se posvadio sa navijačima, predsjednikom, te igračima [[Antonio Cassano|Cassanom]], [[Ronaldo|Ronaldom]], [[David Beckham|Beckhamom]], [[Joze Maria Guteirrez "Guti"|Gutijem]] i drugima. Ipak, izgurao je sezonu do kraja, te uspio iznenađujuće proći Barcelonu i osvojiti naslov prvaka u posljednjem kolu. Nakon toga je svejedno dobio otkaz, pod obrazloženjem da njegova momčad "ne igra dovoljno atraktivan nogomet".
