Kod malignih velikih boginja (još se nazivaju i ravne boginje) lezije ostaju u gotovo u ravnini s kožom kad se kod običnih boginja one uzdignu. Ne zna se zašto neki ljudi razviju ovaj oblik bolesti. Povijesno, maligne boginje javljale su se u 5 - 10% slučajeva, a većina njih (72%) je bila kod djece. Kod malignih boginja period prije izbijanja osipa traje dulje, s povišenom temperaturom i ostalim simptomima trovanja. Osim na jeziku je najčešće obilniji. Bubuljice se čine ukopane u kožu i sporo se razvijaju. Za razliku od običnog tipa boginja, maligne često završavaju sa smrtnim ishodom, a vrećice imaju vrlo malo tekućine i osjetljive su na dodir te mogu krvariti.
