Inocent IV jedan je od glavnih sudionika u sukobu između crkve i carstva. [[Fridrik II., car Svetog Rimskog Carstva|Fridrik II]], car Svetog Rimskog carstvaCarstva, smatrao je da ima pravo nametnuti svoju carsku vlast (''imperialis potestas''), zbog čega je došao u sukob sa zahtjevom crkve za univerzalnom vlašću (''universalis potestas''). Taj su zahtjev teoretski razradili crkveni pravnici onoga vremena, među njima i Sinibaldo Fieschi. Prema toj teoriji, Papa je, kao božji izaslanik na zemlji, u apstraktnom pravnom smislu posjedovao vrhovnu vlast, koja se protezala na sva kraljevstva, a u praktičnom smislu je zemaljsku vlast prepuštao caru i kraljevima. Kako Fridrik II nije bio voljan prihvatiti takvu koncepciju vlasti, došao je u sukob s Crkvom još za pontifikata [[Grgur IX.|Grgura IX]], koji ga je ekskomunicirao. Sukob je došao do vrhunca za pontifikata Inocenta IV.
