Dne [[10. ožujka]] [[2000.]] godine, predsjednik [[Stjepan Mesić]] je imenovao generala Stipetić načelnikom GS-a, te je na toj dužnosti ostao do [[16. siječnja]] [[2003]].<ref name="hrt1">{{Citiranje www|naslov=Petar Stipetić novi načelnik Glavnog stožera Oružanih snaga|url=http://www.hrt.hr/arhiv/2000/03/10/HRT0048.html|autor=|autorlink=|prezime=|ime=|koautori=|urednik=|izdavač=Hrvatska radiotelevizija|format=|rad=|stranice=|dan=|mjesec=|godina=10. ožujka 2000.|preuzeto=24. studenoga 2013.|arhivurl=|arhivdatum=|citat=}}</ref>
Godine [[2001.]], istražitelji [[Međunarodni sud za ratne zločine počinjene na području bivše Jugoslavije|Međunarodnog suda za ratne zločine počinjene na području bivše Jugoslavije u Haagu]] su tražili razgovor sa generalom Stipetićem u u statusu osumnjičenika.<ref name="ar">{{Citiranje www|naslov=Iscrpljujući razgovori Stipetić – haaški istražitelji|url=http://www.ar-news.net/index.php?option=com_content&view=article&id=391:iscrpljujuaei-razgovori-stipetiae-haaki-istraitelji-&catid=36:kronika&Itemid=55|autor=|autorlink=|prezime=|ime=|koautori=|urednik=|izdavač=www.ar-news.net (Hrvatska privatna novinska agencija)|format=|rad=|stranice=|dan=|mjesec=|godina=29. ožujak 2001.|preuzeto=24. studenoga 2013.|arhivurl=|arhivdatum=|citat=}}</ref> Kada je general Stipetić dobio poziv za razgovor, odmah je pristao na razgovor sa istražiteljima iako ga je potpredsjednik [[Vlada Republike Hrvatske|Vlade]] [[Goran Granić]] stalno odgovarao od toga, govoreći mu da se ne žuri.<ref name="jl1"/> General Stipetić je bio ispitivan dva dana tj. ukupno više od 12 sati. Haaški istražitelji su htjeli rasvijetliti brojne detalje vezane uz rat u Hrvatskoj, posebno ključne operacije Medački džep, te [[Operacija Bljesak|Bljesak]] i Oluja. Ime generala Stipetića se po prvi put spomenulo glede istražnih radnji suda još u studenom 2000. godine.<ref name="ar"/><ref name="hrt2">{{Citiranje www|naslov=Haaški sud pozvao je Stipetića kao svjedoka, ali i mogućeg osumnjičenika|url=http://www.hrt.hr/arhiv/2000/12/20/HRT0038.html|autor=|autorlink=|prezime=|ime=|koautori=|urednik=|izdavač=Hrvatska radiotelevizija|format=|rad=|stranice=|dan=|mjesec=|godina=20. prosinac 2000|preuzeto=24. studenoga 2013.|arhivurl=|arhivdatum=|citat=}}</ref> U kratkoj izjavi nakon dvodnevnog ispitivanja general Stipetić je rekao da su istražitelji bili korektni i da je zadovoljan sa razgovorima s istražiteljima suda u Haagu.<ref name="ar"/>
General Stipetić, zajedno sa generalom [[Anton Tus|Antonom Tusom]], je jedini bivši zapovjednik JNA kojemu je u [[Beograd]]u suđeno u odsutnosti zbog veleizdaje i dezerterstva.<ref name="jl1"/>
