FFDI u [[Zagreb]]u ima svoju [[Isusovci|isusovačku]] tradiciju u poučavanju [[filozofija|filozofije]] koja je započela [[6. studenog]] [[1662.]]. godine uspostavom ''Filozofskog studija na Zagrebačkom Kolegiju'' koji je kasnije postao kolijevkom [[Sveučilište u Zagrebu|zagrebačkog Sveučilišta]].
Taj je rad prestao ukinućem isusovačkog reda [[1773.]]. godine. Novija povijest isusovačke filozofske tradicije počinje osnivanjem ''[[Filozofsko-teološki institut Družbe Isusove|Filozofskog instituta]]'' [[1937.]]. godine s trogodišnjim studijem filozofije, koji je onda na crkvenim filozofskim fakultetima vodio do stupnja licencijata iz filozofije. Djelatnost tog instituta se nastavlja pod nazivom [[Filozofsko-teološki institut Družbe Isusove]] u Zagrebu.
Dana [[31. srpnja]] [[1989.]]. '''Kongregacija za katoličku naobrazbu''' ''(tal. Congregazione per l'Educazione Cattolica)'' pri [[Sveta Stolica|Svetoj stolici]], svojim Dekretom Filozofski studij podigla na razinu '''Filozofskog fakulteta''', dala mu je pravo podjeljivanja akademskih stupnjeva: [[bakalaureat]]a (diplome), licencijata ([[magisterij]]a) i [[doktorat]]a iz filozofije. Snagom te odluke FFDI je, u [[Kanonsko pravo (Katolička crkva)|crkveno-pravnom]] smislu, potpuno izjednačen s Teološkim fakultetom u Zagrebu, Teološkim fakultetom u Splitu te Teološkim fakultetom u Đakovu.<ref>[http://www.ffdi.hr/index.php/fakultet/o-fakultetu.html O fakultetu] (pristupljeno 1. kolovoza 2014.)</ref>
[[Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa Republike Hrvatske|Ministarstvo znanosti]] je rješenjem od [[7. listopada]] [[1992.]] godine FFDI upisalo u ''Registar znanstvenoistraživačkih organizacija i jedinica'' kao ''znanstvenoistraživačku organizaciju'' u znanstvenom polju filozofija. Fakultet djeluje u sastavu [[Hrvatski studiji|Hrvatskih studija]] Sveučilišta u Zagrebu.
