Mardonije je bio sin Gobrija[[Gobrias]]a, [[Perzijanci|perzijskog]] plemića koji je [[Ahemenidi|ahemenidskom]] princu [[Darije I. Veliki|Dariju]] pomogao stupiti na prijestolje. Savez između dvojice prijatelja ojačan je političkim brakovima; Darije je oženio Gobrijevu kći, a Gobrije Darijevu sestru<ref>[http://www.livius.org/man-md/mardonius/mardonius.html Mardonije (Livius.org)]</ref>. Mardonije je postao Darijev zet kada se oženio princezom Artozostrom.