Usred kreativne aktivnosti njegovo zdravlje se je narušilo. Službeni razlog smrt bila je [[tifus|tifoidna groznica]], iako su iznesene i druge teorije, od kojih je jedna da je bio u tercijarnoj fazi [[sifilis]]a. Kasno u ljeto 1828. posjetio je dvorskog liječnika Ernsta Rinna, koji je potvrdio njegove sumnje da je neizlječivo bolestan te da će vjerojatno ubrzo umrijeti. Neki od simptoma koje je imao upućuju na trovanje [[živa|živom]], koja jese u to vrijeme koristila se kao lijek za sifilis. Na početku studenoga ponovno se razbolio. Osjećao je [[glavobolja|glavobolje]], groznicu, imao otečene zglobove i povraćao. Schubert je preminuo u Beču u dobi od 31. godine, 19. studenoga 1828. u stanu svoga brata Ferdinanda. Zadnje glazbeno djelu koje je željeo čuti bio je Beethovenov Gudački kvratet br. 14 u cis-molu, Op. 131. U skladu sa vlastitim željema pokopan je kraj Beethovena, čovjeka kojem mu se divio una seoskom groblju u Währingu.
Godine 1872. u bečkom parku Stadtpark, podignut je memorijal Franzu Schubertu. Godine 1888., oba groba, i Schubertov i Beethovenov su premještena u središnje bečko gorbljegroblje "Zentralfriedhof", gdje se nalaze pokraj grobova [[Johann Strauss II|Johanna Straussa II.]] i [[Johannes Brahms|Johannesa Brahmsa]]. Groblje u Währingu pretvoreno je 1925. u park, nazvan Schubert Park, a bivši grob mu je označen bistom.
Groblje u Währingu pretvoreno je 1925. u park, nazvan Schubert Park, a bivši grob mu je označen bistom.
