Rođen je u Palermu na Siciliji. Nakon dvadeset godina braka ostao je udovac i stupio u zajednicu benediktinaca. Za papu je izabran 678. u 103. godini života. Na Petrovoj je stolici bio manje od tri godine, ali je sve osvajao blagom i veselom naravi. Ovaj je papa na izrazit način povezan s počecima povijesti Hrvatskoga naroda. Bizantinski car Konstantin Porfirogenet, koji je bio suvremenik hrvatskog kralja Tomislava u svome djelu „De administrando imperio“ piše: „Hrvati poslije krštenja postaviše vlastoručni ugovor te se tvrdom i nepokolebljivom vjerom zakleše sv. Petru da nikada neće provaljivati u tuđe zemlje niti ondje ratovati, već da će radije živjeti u miru sa svima koji to budu htjeli. A od pape su za to dobili molitvu (obećanje) da će se za njih boriti i na pomoć im biti Bog Hrvata, kadgod drugi narodi provale u hrvatsku zemlju i ratom ih uznemire, a Petar, učenik Kristov, obdarit će ih pobjedom.“ Papa kojemu car ne spominje ime upravo je papa Agaton. Njegov spomendan, za svakog Hrvata vjernika dan je zahvalnosti Gospodinu za sve što smo od Njega primili krštenjem, ali i dan molitve za narod i domovinu.
